Барнаульская городская станция юных натуралистов была создана решением исполнительного комитета Барнаульского городского Совета народных депутатов от 16.05.1979 г. с целью воспитания экологической культуры учащихся города Барнаула. Первым директором станции (с 1979 по 2001 гг.) была Троско Клара Даниловна. Под ее руководством были построены вольеры для содержания животных, в которых обитали косули, кролики, нутрии, фазаны, павлины и др. звери и птицы. Юные жители Барнаула и районов Алтайского края с удовольствием посещали этот мини-зоопарк.
Станция юных натуралистов была включена в городской маршрут экскурсий, проводимых через турбюро «Спутник». Педагогический коллектив станции занимался активной работой по озеленению и благоустройству города Барнаула.
Под его руководством школьники Ленинского района заложили дендросад «Пионерский» (в настоящее время это парк отдыха «Эдельвейс»). Пионеры г. Барнаула принимали активное участие в массовых мероприятиях, проводимых станцией: «Праздник Урожая», «День Птиц». На станции был создан музей «Пчеловодства».
С 1 ноября 2008 года МБОУ ДОД «Городская станция юных натуралистов» является опорной площадкой по экологическому образованию и воспитанию школьников Барнаульского образовательного округа. Школьники, не только Барнаула, но и г. Новоалтайска, Первомайского, Павловского и Калманского районов принимают участие в окружных массовых мероприятиях, естественнонаучной направленности.
В ноябре 2015 года станция получила новое название: Муниципальное бюджетное образовательное учреждение дополнительного образования «Барнаульская городская станция юных натуралистов».
В зооуголке станции обитают: шиншилла, хорьки, хомячки, морские свинки, декоративные кролики, белка, ежи, попугаи, черепахи, и др.
В учебных помещениях и холле станции кабинете произрастает более 100 видов декоративных растений.